會計電算化制度是一種實際計算機技術實現程序會計核算和財務管理的，它的出現極高地增加了會計工作的效率和準確性。然而，與此同時，會計電算化制度也存在地著一些缺點，這些個缺點不單會影響大到會計工作的質量，還肯定對企業(yè)的經營產生不利影響。

缺乏靈活性

會計電算化制度的一個缺點是嚴重缺乏靈活性。一旦制定并執(zhí)行了會計電算化制度，就很難進行修改。這是只不過會計電算化制度的修改要新的編寫程序，這樣會增加企業(yè)的成本和時間。不過，要是企業(yè)必須對會計電算化制度接受如何修改，可能會需要請專業(yè)人員接受直接修改，這也會減少企業(yè)的成本。

技術要求高

會計電算化制度是需要不使用計算機技術，所以，不使用會計電算化制度是需要應具備一定的計算機技術知識。是對一些不具備什么計算機技術知識的人員來說，在用會計電算化制度可能會存在一定的困難。這就需要企業(yè)對員工進行培訓，這也會減少企業(yè)的成本。

安全性不高

會計電算化制度是需要可以使用計算機技術，因此，會計電算化制度的安全性確實是一個問題。如果企業(yè)的計算機系統被黑客攻擊，會計電算化制度的數據肯定會被竊奪或被破壞。這對企業(yè)的財務安全會導致嚴重的影響。

需要大量的數據輸入

會計電算化制度需要大量的數據輸入，這對企業(yè)的員工而言是一項繁瑣的工作。如果沒有數據輸入錯誤，會計電算化制度的數據也會出現錯誤。這就必須企業(yè)對員工參與培訓，以必須保證數據的準確性。

容易出現漏洞

會計電算化制度必須使用計算機技術，并且，會計電算化制度太容易再次出現漏洞。如果沒有漏洞被黑客攻擊，會計電算化制度的數據肯定會被侵吞或毀壞。這對企業(yè)的財務安全會導致嚴重的影響。

難以保證數據的準確性

會計電算化制度是需要大量的數據輸入，如果沒有數據輸入錯誤，會計電算化制度的數據也會又出現錯誤。并且，如果會計電算化制度的程序出現錯誤，也會導致數據的錯誤。這就不需要企業(yè)對員工接受培訓吧，以確保數據的準確性，但是要對會計電算化制度的程序并且嚴格的的測試和檢查。

需要大量的資金投入

會計電算化制度要建議使用計算機技術，因此，需要大量的資金投入。企業(yè)需要購買計算機設備、軟件、網絡設備等，這些都必須大量的資金投入。而且，假如企業(yè)是需要對會計電算化制度并且修改，也要耗去大量的資金。

不適用于所有企業(yè)

會計電算化制度不區(qū)分于全部企業(yè)。是對一些小型企業(yè)對于，會計電算化制度可能會會增加企業(yè)的成本，而且肯定會對企業(yè)的員工導致一定的困難。所以，企業(yè)需要依據自身的情況來判斷如何確定可以使用會計電算化制度。

容易出現人為錯誤

會計電算化制度不需要大量的數據輸入，如果沒有數據輸入錯誤，會計電算化制度的數據也會直接出現錯誤。而且，要是會計電算化制度的程序又出現錯誤，也會可能導致數據的錯誤。這就是需要企業(yè)對員工并且培訓班，以必須保證數據的準確性，因此要對會計電算化制度的程序進行嚴格的測試和檢查。

會計電算化制度的出現頗大地增強了會計工作的效率和準確性，只不過，會計電算化制度也必然著一些缺點。企業(yè)要依據自身的情況來改變是否是不使用會計電算化制度，并且需要對會計電算化制度接受嚴格的管理和壓制，以確保全數據的準確性和安全性。